Bordi: – KPMM udhëhiqet nga Bordi i KPMM-së. Detyrat dhe funksionet e Bordit të KPMM-së përcaktohen sipas nenit 59 deri 62 të ligjit për Minierat dhe Mineralet.
Drejtori: – Drejtori i KPMM-së udhëheqë punën zakonshme të KPMM-së, ushtron të gjitha funksionet të deleguara nga Bordi i KPMM-së; në pajtim me legjislacionin në fuqi.
Njësia e Auditimit të Brendshëm: – NJAB ekzaminon dhe vlerëson efektivitetin adekuat të sistemit të kontrollit menaxhues, politikat, procedurat dhe planet e OB si edhe organizatat përkrahëse të jenë të adaptuar që të udhëheqin aktivitetet e tyre.
Departamenti i Inspektoratit: – kryen inspektimet e të gjithave aktiviteteve minerare sipërfaqësore dhe nëntokësore (në përputhje me kushtet e licencës) duke përfshirë edhe eksplozivet (shpim-plasjet), në koordinim me KFOR-in dhe MPB-ne. Bën inspektimin në raste të aksidenteve që lidhen me miniera, inspektimin e operimeve ilegale, si dhe sekuestrimin e pajisjeve dhe resurseve te veprimet ilegale.
Departamenti i Gjeodezisë: – kryen të gjitha aktivitetet e matjeve gjeodezike dhe inspektimin në miniera, verifikimin e koordinatave te te gjitha aplikacionet, verifikimin e koordinatave te fushave para minuese, verifikimi i situacioneve te rezervave te shfrytëzuara gjatë vitit kalendarik.
Departamenti i Gjeologjisë: – kryen të gjitha aktivitetet e nevojshme që të sigurojë hulumtimin dhe shfrytëzimin e licencuar, të rregullt dhe optimal të resurseve minerale të Kosovës në përputhshmëri me ligjin e Minierave dhe Mineraleve dhe Strategjinë Minerare, shfrytëzim optimal të mineraleve dhe zhvillim të pranueshëm mjedisor. Po ashtu kryen marrjen, përpilimin dhe arkivimin e të dhënave gjeo-shkencore të territorit të Kosovës.
Departamenti i GIS-it – mbikqyrë Sistemin e Menaxhimit Informativ (SMI) për Gjeo-Databazën e Kosovës (SMI GDK). SMI mbështet punët e KPMM-se, menaxhon çdo të dhënë të KPMM të ruajtur në mënyrë elektronike (siç janë dokumentet dhe raportet, hartat gjeoshkencore, të dhënat e vendburimeve minerale, arkivën dhe të tjera).
Departamenti Ligjor – ndihmon në hartimin e legjislacionit parësor dhe dytësor, në bashkëpunim të ngushtë me Bordin, Drejtorinë, departamentet dhe njësitë tjera organizative nga fushëveprimi i KPMM-së. Ndihmon në hartimin e akteve të ndryshme që nxirren nga Bordi dhe Drejtoria. Bën verifikimin dhe sigurimin e përputhshmërisë me parimet themelore të jurisprudencës, si dhe respektimi i teknikave legjislative, për të gjitha aktet ligjore dhe nënligjore të propozuara apo sponsorizuara dhe të miratuara në KPMM.
Departamenti i Administratës – u ofron departamenteve tjera të institucionit, në mënyrë efektive dhe efiqiente, shërbime administrative, shërbime të transportit e logjistikës, shërbime të personelit dhe shërbime gjuhësore; e përmes shërbimeve të kontraktuara, edhe qiranë e objektit, sigurimin fizik dhe mirëmbajtjen e objektit të KPMM-së. Departamenti i Administratës përmban: Divizionin e Transportit dhe Logjistikës, Sektorin e Personelit dhe Sektorin Gjuhësor.
Departamenti i Financave – ka pergjegjësi që të menaxhojë buxhetin e KPMM-së, sipas Ligjit për Menaxhimin e Financave Publike dhe Përgjegjësitë Nr. 03/L-048, si dhe të bëjë grumbullimin e Rentës Minerare në përputhje me Ligjin Nr. 03/L-163, si dhe ligjin Nr. 04/L-158 per Ndryshimin dhe Plotesimin e ligjit bazik per Minierat dhe Mineralet. Departamenti i Financave përmban: Divizionin e të Hyrave dhe Njësinë e Pagesave.
Departamenti i Prokurimit – është përgjegjës për menaxhimin e të gjitha aktiviteteve të prokurimit në KPMM në pajtim me dispozitat e Ligjit te Prokurimit Publik te Kosovës. Bën organizimin dhe administrimin e përgjithshëm te prokurimit brenda KPMM, kryerjen e aktiviteteve të prokurimit përfshirë specifikimin, pranimin dhe vlerësimin e tenderëve, kontratave si dhe ndërlidhja për të siguruar implementimin e të gjitha aktiviteteve dhe sistemeve të furnizimit.
Departamenti i Teknologjisë Informative – është përgjegjës për funksionimin dhe menaxhimin e infrastrukturës së teknologjisë informative ne Komisionin e Pavarur te Minierave dhe Mineraleve. Bën sigurimin e zgjidhjeve kualitative të teknologjisë informative për mundësimin e shkëmbimit të shpejtë, të lehtë dhe në formë të përshtatshme të informatave brenda dhe jashtë KPMM-së.
